BETİ öz fəaliyyət sahəsində aşağıdakı vəzifələri yerinə yetirir: 

Azərbaycan Respublikasında baytarlığın aktual problemlərinin həllinə yönəldilmiş elmi tədqiqat işləri aparır,onların nəticələrinin praktikada tətbiqini təmin edir; 

Kənd təsərrüfatı, ev və vəhşi heyvanların, quşların, arıların və balıqların infeksion, invazion və yoluxmayan xəstəliklərin etiologiyasını öyrənir, xəstəliklərə qarşı elmi cəhətdən əsaslandırılmış yeni baytarlıq sanitariya, elmi-profilaktika və s. tədbirləri işləyib hazırlayır;